揖斐郡揖斐川町北方（旧・揖斐郡北方村）の産土神社である。
創建時期は不詳。言い伝えでは三輪氏がこの地を治めていた頃、厨府山に事代主命を祭神とする神三御子社として創建したという[1]。美濃国神名帳の「従五位下神三御子明神」に該当する[1]。
その後この地域が東大寺領となると、脇社に八幡神、本尊盧舎那仏、天照大神を祀る。平安時代にこの地域が藤原氏の荘園となると、相殿に春日神を祀り、春日神社と呼ばれるようになる[1]。
神社合祀令もあり、1911年（明治44年）に揖斐郡北方村の十数社の神社を合祀。同時に北方神社に改称する[1]。
1912年（明治45年）、本殿、拝殿、幣殿、渡殿などを新築する。
