四恵東駅は一階がホーム、二階がコンコースの橋上駅である。
ホームは南側から1号線ホームと八通線ホームがあり、それぞれ相対式ホーム2面2線を有する。1号線ホームの東側にある渡り線は、1号線と八通線の回送列車が折り返すために使用される。八通線ホームの東側にも同様の渡り線がある。
2021年8月29日に両路線が当駅を介して直通運転に伴い、八通線の起点駅を高碑店駅に改め、1号線のみの駅となった。全列車が南側にある八通線ホームに停車するようになった。北側にある1号線ホームは使用を停止し、閉鎖されている。直通運転に伴い、西側に4箇所のポイントが追加された。