大根川は中流域から下流域にかけて河川勾配が緩く、1990年(平成2年)7月2日の24時間連続雨量338mm(午前9時から79mm/時を記録)という豪雨によって引き起こされた災害[5](浸水個数1,121戸[4])をはじめ梅雨時期や台風時に浸水被害が度々あったことから1995年(平成7年)より大規模河川改修事業を行っている[6]。1998年(平成10年)に大根川水門、2000年(平成12年)に大根川排水機場が完成[4]。大根川水門は飯江川からの逆流を防ぐため作られた。改修事業全体は平成37年度完成予定[6]。