創建年代は不明であるが、葛西御厨の成立（1165年）以降に創建されたと推測される。曲金村の鎮守であった[2]。創建当時の社名は神明社あるいは明神社とされ、後に三社明神、江戸時代には三社大明神と呼ばれるようになり、さらに1873年（明治6年）に天祖神社と呼び名が改められた[3]。
社宝の一つに1839年（天保10年）に奉納された「板絵着色雨乞図絵馬額」がある。雨乞いの模様を描写した絵馬である[2]。これまでに何回か修復が行われ、最近では2019年（令和元年）に修復が実施された[4]。葛飾区指定有形民俗文化財[4]。
