創建時期は不詳。天文5年(1536年)に益田川の洪水で流出した白山宮と八幡宮を合祀し、三社宮に改称する[1]。後に宮谷神明神社に改称する。
1908年(明治41年)11月28日、境内社(稲荷神社、金比羅神社、山神社、愛宕神社)と川西村の村内の神社(津島神社、諏訪神社、嶋姫神社、山神神社、塞神神社)を合祀する。
1940年(昭和15年)に川西総社に改称し、1952年(昭和27年)に宮谷神明宮に改称する[1]。
本殿、幣殿は1940年(昭和15年)に新築した建物である。1978年(昭和53年)に全ての建物を神明造に改築している[1]。
旧社格は郷社。1952年(昭和27年)7月1日に岐阜県神社庁より県神社庁長参向指定神社(金幣社)の指定を受ける。