神社の前には巨大な岩があり、その上に岩手の地名の由来になったといわれている神座石(神楽石)があった[2]。県道257号川合垂井線の拡張のため、神座石は本殿の裏に移されている。
創建時期不詳。美濃国神名帳の「従四位下石前神社」であるという。滋賀県東近江市の春日神社薬師堂に納められている大般若波羅蜜多経に貞治五年(1366年)の年号と「不破郡岩手郡岩崎宮」の記述があることから、それ以前の創建と推測される[2]。
この地の豪族の岩手氏が鎮守として勧請したと言われる。その後は竹中氏が崇敬したという。
天文の頃に岩崎神社に改称する。