創建時期は不詳。
言い伝えでは長佐古山の山頂の池が濁った際、小鷹利城の城主が山麓に恵比須神社を移したところ、たちまち濁った水は清らかで澄み切った水になったという。
元は八重事代主神を祀る神社であったが、元禄年間以降に応神天皇を祀り、八幡宮に改称する。
明治初期、恵比須神社に改称し祭神を八重事代主神に戻す。1907年（明治40年）に鈿女神社（宇寿姫神社）を合祀する。1908年（明治41年）に村社となる。
明治初期までは本殿のみであったが、合祀した鈿女神社（宇寿姫神社）社殿を移築するなどを行い、境内を整備した。
