手術用顕微鏡の設計上の特徴は、通常4倍から40倍の範囲の倍率、感染管理のための殺菌や消毒が容易な部品で構成されていることである。
多くの場合、手術部位からの映像の光路の途中に光線を分割できるプリズムがあって、助手も術者と同軸・同倍率で観察できるように、また手術野の写真やビデオの撮影、大型モニターへの表示ができるようになっている。
通常では、基本モデルの顕微鏡は数十万円で、より高度なモデルはさらに高価になる。さらに、顕微鏡の視覚性能を最大限に活用するには、特殊な顕微鏡手術器具が必要になる場合もある。顕微鏡の使用を習得するには時間がかかる。