有頭動物

おもにNelson et al. (2016) による^[1]。有頭動物は亜門とされ、ヌタウナギ下門と脊椎動物下門に二分される^[5]。階（grade）は上綱と綱の間の階級である^[6]。

有頭動物亜門 Craniata

• ヌタウナギ下門 Myxinomorphi (= 穿口蓋類 Hyperotreti)
  • ヌタウナギ綱 Myxini
• 脊椎動物下門 Vertebrata（狭義）
  • ヤツメウナギ上綱 Petromyzontomorphi (= 不穿口蓋類 Hyperoartia)
    • ヤツメウナギ綱 Petromyzontida
  • 顎口上綱 Gnathostomata
    • 板皮階 Placodermiomorphi†
      • 板皮綱 Placodermi†
    • 真顎口類 Eugnathostomata
      • 軟骨魚階 Chondrichthyomorphi
        • 軟骨魚綱 Chondrichthyes
      • 真口階 Teleostomi
        • 硬骨魚綱 Osteichthyes
        • 棘魚綱 Acanthodii†
  • 骨甲上綱 Osteostracomorphi†
    • 頭甲綱 Cephalaspidomorphi†
  • Thelodontomorphi†
    • 歯鱗類 Thelodonti†
  • 翼甲類 Pteraspidomorphi†
    • Pteraspidomorpha†
  • Anaspidomorphi†
    • 欠甲類 Anaspida†

（注：上記分類にも問題があり、ヤツメウナギ（頭甲綱に含まれるとされる）の位置に関して混乱がある）

なお、Nelson et al. (2016) ではコノドント類を有頭動物に含めていない^[1]。ヌタウナギ類や翼甲類を除いた脊椎動物を筋鰭類 Myopterygii としてまとめる説もある^[3]。

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有頭動物の分類群としての妥当性は確認されてはいない。mtDNAによる研究（Delarbre他 2002）によると、メクラウナギ類は不穿口蓋類（ヤツメウナギ類）に近く、これは伝統的な分類と同様になる。すなわち、無顎類は分類群として妥当である。頭甲類は伝統的に不穿口蓋類（ヤツメウナギ類）と同一視されてきたが、それが事実であるかどうかは疑問の余地がある。分岐年代が古い場合、mtDNAによる分類が絶対的でないことは留意する必要がある。また化石記録殻の判断も解釈が難しい。

もし無顎類が単系統と認められれば、脊椎動物は従来認められてきたとおり顎口類+無顎類の内容となり、有頭動物は、脊椎動物の不必要な異名となる。