天正8年（1580年）5月、羽柴秀長（当時の名乗りは「長秀」））は主君織田信長の命により但馬国を平定した。従来の伝承では秀長は出石城主に任ぜられ、家臣の木下将監昌利が城代に任ぜられたとされてきたが、古文書の研究の進展などで、出石城（有子山城）と出石郡を与えられて支配を行っていたのは昌利本人で、秀長には『信長公記』に記されているとおり、朝来郡の竹田城を与えられたと考えられている。このため、少なくてもこの段階において、昌利は秀長の家臣ではなく羽柴秀吉の直臣になっていたと考えられている[1]。
翌9年（1581年）3月9日付の「木下昌利書状」（総持寺文書）では、総持寺に対し夫丸諸役を免除する旨が記されており、出石城主として領内を統治していたことが確認される。
昌利は「羽柴秀長の一族」と伝えられるが、「羽柴秀吉の一族」ではなく、あくまで秀長の係累に属したとされる点が特筆される。出生については諸説あるが、一説には羽柴秀長の実父竹阿弥（水野昌盛）の連れ子であり、秀長の異母兄にあたるとする見解がある。しかし、近年では秀吉と秀長は同父兄弟説が有力で、秀吉も竹阿弥の実子であった可能性が浮上していることから、出生年代的に舅にあたる係累とも考えられ、秀吉・秀長兄弟と昌利の関係については今後の研究が俟たれる。
天正4年（1576年）には、長浜城の留守居役として杉原家次・一柳直次とともに名を連ねており、この頃すでに秀長の側近的な立場にあった。以後、三木合戦・備中高松城の戦いなど各地の戦に従軍し、賤ヶ岳の戦い（1583年）でも活躍が見える。
同戦の3月11日の陣立てに「三番 木村隼人、木下昌利（半右衛門）」とあり、また『佐和山城物語』には、秀吉が敵方の動揺を察して木下昌利を神明山・堂木山の砦に入れ、山路将監・大金藤八郎らと共に布陣させたことが記されている。このときの機動は秀吉本陣を支える重要な役割であった。
また『竹生島奉加帳』にも「木下将監」の名が見え、賤ヶ岳戦後の戦功を裏付ける資料とされている。