延宝7年（1679年）10月21日、長門国長府藩3代藩主・毛利綱元の次男として江戸にて誕生した。初名は毛利匡英（もうり まさひで）。
元禄5年（1692年）7月26日に挙母藩初代藩主・本多忠利の婿養子となって本多忠次を名乗る。毛利綱元の母・清殊院は忠利の姉妹であり、忠次は忠利の大甥にもあたった。元禄13年（1700年）の忠利の死去により家督を継いだ。
元禄14年（1701年）以来、領内で風水害が相次いで被害が大きく、そのために年貢収入は減少して藩財政が逼迫する。このため、有能な人材登用や養蚕業、綿などの産業振興に尽力して藩政改革を行なった。正徳元年（1711年）11月20日、挙母で死去した。享年33。跡を長男・忠央が継いだ。
死因は病死といわれているが、尾張藩の記録では「10月に藩内で抗争が起こり、それによって忠次は近臣を誅殺したが、自らも近臣によって殺され、正室も自害した」とされている。このような事情で改易を恐れた家臣団が、忠次の死因を偽り、時期をずらしたというものである。