岩田ユキが監督(長編映画初)に加え脚本と劇中歌の作詞を兼務。栃木県那須烏山市周辺をロケ地・物語の舞台とし、原作の世界観を基に独自の脚色を加えている。
ロケ地にある栃木県内3劇場で2007年3月3日先行公開。3月31日以降順次全国公開された。3月21日にバップからメイキングDVD『「檸檬のころ ナビゲーションDVD もうひとつの檸檬のころ」』が発売された。
同年9月27日にはバップから本編DVDが発売された。
谷村美月が2008年に本作と『茶々 天涯の貴妃』『魍魎の匣』において、第3回おおさかシネマフェスティバル助演女優賞を受賞。
製作・配給を手がけたゼアリズエンタープライズは本作を最後に全国配給と製作出資から事実上撤退し、2011年2月に破産宣告を受ける。
吹奏楽部の指揮者の秋元加代子は何でもでき、成績も優秀で東京の大学に進学すると決めている。野球部の西はいつも秋元を見つめていた。
そんな西に「オレ、加代ちゃんが好きなんだ」という同じく野球部でエースの佐々木富蔵。絡むことのない西と秋元の視線、近づく秋元と佐々木の距離。
秋元と同じ教室で音楽を聞くことにのめり込んでいる白田恵は音楽ライターを目指し誌を書き溜めている。白田と同じように音楽を感じている軽音楽部の辻本一也と偶然出会い、音楽談義で盛り上がる。もうすぐ高校最後の文化祭、辻本は作詞を白田に頼む。たくさんの痛みを通じてあふれ出た白田の言葉が、秋元に響き、佐々木や西にも影響を与えていく。そして、五人それぞれの思いが交差していく中で季節は移り変わり、別れの日が近づいていた。