1994年（平成6年）に自動車専用道路の三遠南信自動車道 草木トンネルが開通したことにより、同道路の浜松方面側のインターチェンジとして水窪北インターチェンジの供用を開始した。しかし、1997年（平成9年）に草木トンネルの飯田方面側の草木ICから先の兵越峠直下を通過するルートの地盤が貧弱なことが判明し、2008年（平成20年）までに青崩峠西側を通るルートに変更された。このため、草木トンネルはルートから外されて自動車専用道路から一般道路に格下げされ、水窪北ICは草木ICとともに廃止された。
当インターチェンジには浜松方面へ本線を延伸するための橋脚が何本か設置されていたが、現在は撤去されている。
