新発田藩三代藩主溝口宣直の時代、この地の高徳寺を五十公野へ移した跡地に藩の下屋敷の造営が始まった。付近が清水谷と呼ばれていたことから、「清水谷御殿」と呼ばれた。
四代藩主溝口重雄の時代、幕府庭方の茶人縣宗知を招いて庭園の造営が行われた。
1891年、大地主の伊藤文吉に買収された後、1946年より北方文化博物館の分館となり、「清水園」と名づけられた。昭和20年代に庭師田中泰阿弥が庭園を修復した[1][3]。
2003年、同じく縣宗知の指南下で造られた五十公野御茶屋庭園とともに、国の名勝に指定された。指定にあたって「越後を代表する大名庭園である」と評価された。