文政4年(1821年)に石瀬村(現在の新潟市西蒲区)出身の本間貞作が考案したものといわれている[1][2]。貞作は畳職人だったが、片手間に兎の形を模した麦饅頭を売り出したのが起こりとされている[1]。麦饅頭をせいろで蒸して参拝者に供したと推測されている[1]。
幕末に刊行された『越後土産』に「弥彦兎まんちう」の名があった[3]。
江戸時代半ば以降、講や庶民の寺社参詣が盛んになると、各地で寺社の門前で売られる土産物菓子とその由緒が作られたが、その一つである。[要出典]
明治の初め頃に製菓業者が餡の入った米粉菓子を考案して玉兎饅頭と称した[1]。地元の製菓業者はこれを粉菓子に改めて、小粒の小さく愛らしい菓子が売り出された[3]。その後、大形の耳だけ赤く色取ったもの、餡入り、最中製、香煎兎、和三盆の玉兎など材料や製法の変わったものが売り出された[1][3]。
「玉兎」は越後一の宮に詣でた善男善女が「参拝の証明」として買い求めたとされている[4]。