多くの気孔を含んでおり大量の地下水を浸透させる性質がある。水を通しにくい島尻層泥岩との境界付近には多くの湧水が見られる。宮古島ではこの性質を利用して福里ダムなどの地下ダムが建設されている。
琉球石灰岩は、沖縄県では古くから建材として用いられ、道の石畳や家々を取り囲む石垣などを作るのに使われてきたほか、首里城などのグスクや玉陵などの陵墓もこの石で作られている。現在も石垣や亀甲墓などの建材として、また道路舗装用のアスファルトに混ぜる骨材として用いられている。また琉球石灰岩を用いた石畳や道路は、雨で水に濡れると非常に滑りやすくなる。