湖東三山PAから大阪方面に約4km離れた位置に設置されている。名神ハイウェイバスの京都線特急便のみが停車し、それ以外の高速バスはすべて通過する。
開設当初は名神ハイウェイバスの急行便ですら通過していたが、付近に位置する近江温泉（2009年廃業）の利用客及び近江温泉病院への通院、滋賀医療技術専門学校（現・びわこリハビリテーション専門職大学）への通学の利便のために、特急便が停車するようになった。これにより、2002年に実施された急行便廃止に伴うバス停留所の廃止整理の対象とはならなかった。
なお、バスストップ名の由来である百済寺は当バスストップから2kmほど離れた位置にある。
