奥尻島および奥尻町の最高峰で、山頂は奥尻島分屯基地の敷地内となっている。かつては三角点が設置されている箇所(標高575.6m)が神威山の最高点であったが、盛り土により標高が高くなった。山名は神威山を源頭する神威脇川が流れる神威脇地区であり、アイヌ語の「カムイイワキ(神がいるところ)」が語源である[1]。
山頂一帯は自衛隊基地のため、神居山の登頂には予定日の1ヶ月前までの許可が必要となる。許可を経た上で三角点の立ち入りは可能だが、最高点はレーダー施設が設置されているため立ち入り禁止となっている[2]。