種子植物の祖先はシダ植物である。シダ植物は体の構造は陸上生活に十分適応していたが、前葉体の上での受精の際に水が必要である。
種子は前葉体を保護し、その中で受精をも行わせることで、外界の水に頼ることなく受精が行えるようにするためのものである。これによって、植物の陸上生活への適応は格段に進歩した。そのため極地などを除く世界中の陸上に進出し、大変な多様性を獲得するに至った。
また、種子が多くの栄養を蓄積する構造となったことで動物にとって重要な栄養源となり、それを巡って動物との間に共進化が進んだことも重要である。
種子散布については植物の方から動物を利用する場面も多く、同様な現象は花粉媒介を巡っても見られる。