広島県出身。1978年京都大学教育学部教育社会学科を卒業。その後、同大学大学院教育学研究科に進学し、博士課程を退学。滋賀大学助教授、京都大学助教授、放送大学客員教授[1]を歴任し、京都大学大学院教育学研究科教授。2009年に『「女学生」という表象 : 歴史社会学的考察』によって、博士(教育学)(京都大学)を取得[2]。2017年教育学研究科長(-2020年3月)。2020年10月京都大学理事。2021年10月、京都大学副学長・理事(現職)。2022年4月同大名誉教授。
稲垣は教育社会学の分野で博士課程に進学した日本初の女性である[3]。