寛政6年（1794年）1月19日、三池藩6代藩主の立花種周の四男として誕生した。四男だったが、兄の種徳らが早世したために世子となった。
文化2年（1805年）11月、若年寄在任中に幕閣での政争に敗れた父が職を奪われ、12月27日に強制隠居と蟄居を命じられた。これにより、未だ若年の種善が家督を継いだ。しかし対立派閥の追及は止まず、種周が若年寄在任中に幕府の機密情報を漏洩させたとして、文化3年（1806年）6月5日に陸奥国伊達郡下手渡に左遷的に移封された。藩は下手渡陣屋を新規に構築して藩庁とし、種善は新たな領地において善い藩政を行ったと伝わる。
天保3年（1832年）12月25日に江戸で死去した。享年39。長男・種温が跡を継いだ。墓所は福島県伊達市の耕雲寺。