第41普通科連隊

連隊本部、本部管理中隊、4個普通科中隊および重迫撃砲中隊により編成される。連隊長は1等陸佐をもって充てられ、別府駐屯地司令を兼務している。

訓練は主に十文字原演習場や日出生台演習場などで実施する。

対馬警備隊が創隊されるまでは、本連隊から対馬防衛のために1個普通科中隊を派遣していた。

第17普通科連隊第2大隊

• 1954年（昭和29年）9月10日：第17普通科連隊第2大隊が曾根駐屯地において編成。第2大隊長が曾根駐屯地司令を兼務。
• 1962年（昭和37年）7月26日：第17普通科連隊第2大隊が曾根駐屯地から別府駐屯地に移駐。

第41普通科連隊

• 1962年（昭和37年）
  • 8月15日：第17普通科連隊第2大隊を基幹として第41普通科連隊が別府駐屯地において編成完結。本部管理中隊、4個普通科中隊および重迫撃砲中隊編成となる。
  • 8月25日：対馬分屯地設置により、第4中隊が「対馬派遣隊」として移駐。
• 1969年（昭和44年）7月30日：別府駐屯地司令職務を第3教育団長から継承。
• 1980年（昭和55年）3月25日：対馬警備隊が新編され、第4中隊の対馬駐屯地常駐解除。
• 1990年（平成02年）3月26日：第4師団の近代化改編により、自動車化。
• 2003年（平成15年）3月27日：第4師団の「沿岸配備型師団」への改編。

1. 軽装甲機動車および01式軽対戦車誘導弾が配備。
2. 後方支援体制変換に伴い、整備部門（本部管理中隊管理整備小隊等）を第4後方支援連隊第2整備大隊第3普通科直接支援隊へ移管。

• 2011年（平成23年）3月：東日本大震災に伴う災害派遣活動、気仙沼市で捜索救助活動、炊事給食支援を実施^[1]
• 2013年（平成25年）3月26日：支援部隊の第3普通科直接支援隊が第3普通科直接支援中隊に改編。
• 2024年（令和06年）3月21日：「大分県隊区」の「指定部隊の長」（災害派遣の際、大分県との窓口となる部隊）を第2特科団長に委譲^[2]。

• 第41普通科連隊本部
• 本部管理中隊「41普-本」
  • 中隊本部
  • 連隊本部班：82式指揮通信車
  • 情報小隊：軽装甲機動車、偵察用オートバイ
  • 施設作業小隊
  • 通信小隊
  • 補給小隊：3 1/2tトラック
  • 衛生小隊：1トン半救急車
  • 狙撃班
• 第1中隊「41普-1」：高機動車、81mm迫撃砲 L16、01式軽対戦車誘導弾
• 第2中隊「41普-2」：高機動車、81mm迫撃砲 L16、01式軽対戦車誘導弾
• 第3中隊「41普-3」：高機動車、81mm迫撃砲 L16、01式軽対戦車誘導弾
• 第4中隊「41普-4」：軽装甲機動車、81mm迫撃砲 L16、01式軽対戦車誘導弾
• 重迫撃砲中隊「41普-重迫」：120mm迫撃砲 RT

• 第4後方支援連隊第2整備大隊第3普通科直接支援隊「4後支-2整-3」（別府駐屯地）：2003年（平成15年）3月27日から2013年（平成25年）3月25日の間。
• 第4後方支援連隊第2整備大隊第3普通科直接支援中隊「4後支-2整-3」（別府駐屯地）：2013年（平成25年）3月26日（第3普通科直接支援隊を改編）から

• 軽装甲機動車
• 高機動車　
• 1/2tトラック / 73式小型トラック　
• 1 1/2tトラック / 73式中型トラック　
• 3 1/2tトラック / 73式大型トラック
• 89式5.56mm小銃
• 5.56mm機関銃MINIMI
• 84mm無反動砲
• 01式軽対戦車誘導弾
• 81mm迫撃砲 L16
• 120mm迫撃砲 RT

警備区域は、佐伯市を除く大分県沿岸、および姫島村。

• 本部管理中隊
• 第1中隊（臼杵市、津久見市）
• 第2中隊（別府市、杵築市、日出町）
• 第3中隊（豊後高田市、国東市、姫島村）
• 第4中隊（大分市）
• 重迫撃砲中隊（中津市、宇佐市）

イベント支援として、別府大分毎日マラソン、大分国際車いすマラソンへの支援を行うほか、毎年4月の別府温泉まつりへの支援、「湯～Youパレード」への音楽隊派遣および、1個中隊規模でのパレード参加、「湯・ぶっかけ祭り」への参加を行っている^[3]。