従来の政令指定都市の区長は、その政令指定都市の市長の補助機関である職員(一般行政事務職員)から市長が命じるものであるのに対して、総合区の区長(総合区長)は、特別職の地方公務員で議会の同意を得て市長が選任する[3]。
総合区長の任期は、4年である。ただし市長は任期中においてもこれを解職することができる[4]。
総合区が新たに設置された場合、総合区長が選任されるまでの間、市長が総合区長の職務を行う[5]。
総合区長の解職の直接請求については、署名収集期間を2箇月とする等、副市長の解職の直接請求と同様の規定が適用される。