1870年(明治3年)、藤堂家旧臣菊本保有の次男として伊賀国阿拝郡上野萬町(現・三重県伊賀市)に生まれる。
1892年(明治25年)12月、慶應義塾大学部理財科(現在の経済学部)を第一期生として卒業。翌年、三井銀行に入行。
1918年(大正7年)1月、三井銀行常務取締役に就任。
1934年(昭和9年)、三井銀行取締役会長に就任。当時、三井銀行では社長制から会長制へ変わったため、菊本は初代会長となった。
1938年(昭和13年)、寿重工業取締役会長に就任。
1939年(昭和14年)、日本パルプ工業株式会社取締役に就任。