伊邪那美命が天照皇大神を出産した後に、池で胞衣を洗い清めたという。その池は赤く染まり、血洗池と呼ばれるようになる。その血洗池の近くに鎮座する。
創建時期は不詳。美濃国神名帳の恵奈郡従四位上阿氣明神である説がある(阿氣明神は中津川市阿木1415の八幡神社の説もある。)。
時期は不明だが、山火事で焼失。その後住民により小祠が建てられ祀られてきた。
1879年(明治12年)に村社となる。大正時代に大改修され社殿などが新築される。
1934年(昭和9年)に山祇神社を合祀する。
国道363号の拡張工事で境内の一部が道路敷地になるため、1972年(昭和47年)に境内を改修し、社殿などを移築する。