慶長年間(1596年 - 1615年)、植村泰忠の開基である。植村泰忠は徳川家康の家臣で、家康の江戸入府に伴い、勝浦の領主となった。その際に菩提寺として寺を創建した。泰忠は勝浦朝市を開いたことでも知られている[1][2]。
3代泰朝の代に現在地に移転させ、父泰勝の幼名「覚翁丸」にちなみ、「浄林寺」から「覚翁寺」に改称した。その後も、植村家の大名昇格もあり寺運興隆したが、1751年(寛延4年)、分家の不祥事を隠蔽した罪により改易され、菩提寺だった当寺も次第に衰微していった[2][3]。
1907年(明治40年)に着任した戒誉大忍によって、少しずつ再興していった[3]。