播磨龍野城主・赤松村秀の子として誕生した。
天文10年（1541年）、父・村秀が死去し、跡を継ぐ。政秀は智勇に優れた人物で、赤松晴政の嫡男・義祐を擁する浦上政宗に置塩城を追われた晴政を保護し、永禄9年（1566年）に政宗を討つなど、赤松氏の再興に尽力した。
主家である赤松義祐との関係は決して良好ではなく、庇護していた晴政が病死すると義祐と一時的に和睦したが、やがて対立して独立勢力化し、室町幕府15代将軍・足利義昭および織田信長との同盟を画策し、義祐と対立した。
また、浦上氏の同盟者であった小寺氏とはその後も激しく対立し、東播磨の実力者である別所安治と手を結んで、小寺政職やその家臣・黒田職隆と戦い、西から侵攻してきた政宗の弟の浦上宗景（ただし政宗とは別家）とも戦った。
しかし、小寺氏の家臣・黒田孝高の奇襲により大敗し、多くの有力家臣が戦死した（青山・土器山の戦い）。軍事的な抵抗力を失った政秀は浦上氏の前に降伏を余儀なくされ、永禄12年（1569年）11月に宗景に降伏、西播磨における覇権を失う。
元亀元年（1570年）11月12日、浦上宗景の手のかかった人間に毒殺されたという。