水門の構造としてはマイターゲート形式である。この形式は扉が左右に両開きする、いわゆる観音開きである。船舶の通航と景観に対する配慮の両立という観点から、この構造が採用された[1]。水門の外観は煉瓦張りである。野蒜水門の対岸は明治時代初期に造られた野蒜築港の跡地であり、野蒜水門がある東名運河も野蒜築港建設の一環として開削された。そのため、野蒜水門の外観設計に野蒜築港の遺構が参考にされた[2]。
震災後の改修で、扉の位置がやや東名運河側（西側）に移った。この際、既存の扉体はそのまま活用された[3]。
- 本体 長さ15.3メートル、水路幅17.5メートル、高さ7.5メートル
- 型式 プレートガーダ式鋼製マイターゲート（ステンレス製）（幅10.6メートル×高さ8.44メートル＜改修前7.5メートル＞×2枚[1]）
- 扉体重量 107トン（2枚合計）
- 開閉動力 ユニット一体型油圧シリンダー、左右各1基
- 開閉速度 全開・全閉で30分
