審査委員長1名と審査員12名以下がグループに分かれて審査する。審査規定は、「金魚各品種の特徴を生かし、総合的に均整がとれ、太くたくましく優雅さを持ち、軽やかな動作をし、容姿が優れ健康で上品な魚を上とする」（金魚日本一大会実施要項による）。
まず部門ごとに上位5位を審査員の話し合いによって決め、その中で審査員による投票が行われ、順位が決定する。部門優勝した金魚は前方のひな壇へと運ばれ、特別賞が20点選出される。出品数が多かったりレベルが高い部門は2位以下でも敢闘賞や努力賞が授与される。総合優勝した個体には、「日本一大賞」が与えられる。