創建時期は不明。長瀬若御子明神と称し、江戸時代に稲荷神社に改称。武儀郡長瀬村字稲荷洞(現・美濃市長瀬225-1)に鎮座していた。
1873年(明治6年)に村社となる。1915年(大正4年)に武儀郡下牧村大字長瀬(現・美濃市長瀬)内の神社(山神神社、金刀比羅神社、神明神社)を合祀する。1952年(昭和27年)に長瀬神社に改称する。
1956年(昭和31年)6月21日、稲荷神社と北野神社(美濃市長瀬545に鎮座)が合併。長瀬神社として現在地(岐阜県美濃市長瀬325-1)に遷宮する。1964年(昭和39年)に岐阜県神社庁より銀幣社に指定される。