中臣鎌足の流れを汲む藤原秀郷を祖とした一族で、尾藤氏流と下河辺氏流の2つがある。
近藤安太郎『系図研究の基礎知識』によると、藤原秀郷流の主要五氏（他は青木氏、永嶋氏、長沼氏、進藤氏）の一つとある。
尾藤氏流
佐藤氏の分家・尾藤氏のさらに庶流にあたる。佐藤公清の庶子・公澄の4世孫・知宗（兄・知広が尾藤氏を名乗る）の末裔で、22代後の宗茂が長谷川氏を名乗ったという。
宗茂の曾孫が長谷川宗仁で、宗仁の子・守知は一時美濃長谷川藩を立てている。この系統は守知の息子のとき分割相続により旗本となったが、本家は無嗣断絶し分家が存続した。
下河辺氏流
藤巴紋
駿河国山西地域の有力者であった小川（現在の焼津市）の法永長者の末裔。
法永は居士名で俗名は長谷川正宣とされ、小鹿範満に追われた今川龍王丸（氏親）を匿ったことで知られるが、軍記物による記述が中心でその他の資料に乏しい[1]。
法永が開基した林叟院の寺伝によると、法永は坂本（現在の焼津市）の地頭・加納義久の次男として生まれ、長谷川家の嫁婿となったとされる。
『寛政重修諸家譜』などによると、下河辺氏（小山氏の一族）の祖たる下河辺政義の子・小川政平の末裔である政平の子孫・正宣が大和国長谷川に住んだため、長谷川氏を名乗ったという。
一方、正宣の父とみられる長重にまで連なる清和源氏の系譜も『駿河記』巻之十六に掲載されている。
そちらの系譜では初代・長宗が大和国長谷川に住み、三代・貞富が土岐光信を攻めた功により藤巴紋を給ったとされる[2]。
正宣の子・長谷川元長の時、君主今川義元と共に桶狭間の戦いで討死したため没落、その子長谷川正長は徳川家康に召抱えられるも三方ヶ原の戦いで討死した。
正長には正成・宣次・正吉の3子があり、正成系は1750石（のち分割相続により減り1450石）で江戸時代を存続した。
正成は徳川秀忠の娘の勝姫が松平忠直に嫁ぐ際に付属して福井藩へ派遣され、のち忠直が配流されその子の光長が越後高田に移された後も、続けて江戸の高田藩邸に住む勝姫に仕え、幕府より加増を受けている。
宣次系は400石で続いた。この家系からのちに火付盗賊改として著名な長谷川宣以（平蔵）が出ている。
正吉系は4070石（一時500石を加増されたが分割相続により減った）で幕末に至った。
また、同族とみられる長久も今川義元に仕え、その子長谷川長綱は家康に仕えた後に関東代官頭の一人となった他、長綱の兄弟である長盛、長次の家系は代官を務めるなど旗本として続いた[3]。
他にも同族とみられる能長がおり、武田信玄に召し抱えられたとされているが、その子孫の詳細は不明である[4]。
