Fue hijo de Juan Pérez de Araoz (-1524), magistrado que llegó a ser alcalde de la sala de hijosdalgo de la Real Chancillería de Valladolid; y de una dama napolitana (algunas fuentes apuntan a Maddalena Centurione). Fue su abuelo paterno el militar Pedro de Araoz, conocido como el “capitán de Oñate” que participó en las guerras de Granada y la segunda de Nápoles. Antonio tuvo una medio hermana, Isabel que sería monja en el convento de la Concepción de Azpeitia desde 1535.
Su tía paterna, Magdalena era esposa de Martín García de Oñaz y Loyola, viii señor de la Casa de Loyola y hermano mayor de Ignacio de Loyola.
Cursó estudios de artes en la Universidad de Salamanca desde 1536 hasta 1538. Posteriormente, por influencia de su tía Magdalena, pasó a Roma en busca de San Ignacio. En esta ciudad hizo los ejercicios espirituales en diciembre de 1538 y comenzó su noviciado para ingresar en la Compañía de Jesús al año siguiente. Vino a España por orden de Ignacio de Loyola en octubre de 1539 predicando en las provincias vascas, Barcelona y la corte que entonces estaba asentada en Valladolid.
Volvió a Roma en 1541 siendo acompañado por su primo Millán de Loyola, hijo de su tía Magdalena y sobrino de San Ignacio, que deseaba ingresar en la Compañía de Jesús. Fue ordenado sacerdote en ese año, diciendo su primera misa en la capilla del Pesebre de Santa María la Mayor, siendo ayudado por Pedro de Ribadeneira. El año siguiente, el 12 de febrero (domingo de Quinquagésima) hizo su profesión en la Compañía en la basílica de San Pablo de Roma.
En 1543 volvió a España junto a Pedro Fabro, estando ambos en la corte en Valladolid en 1545. Fue confesor de Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli, favorito de Felipe II desde ese año. Posteriormente sería también confesor de Juana de Austria, princesa heredera viuda de Portugal y hermana de Felipe II.
Fue padre provincial de la provincia de España en la Compañía en 1547 y posteriormente, en el momento de la división de provincias españolas de la orden, de la de Castilla en 1554. No participó en las dos primeras congregaciones generales de la Compañía, celebradas en Roma (1558 y 1565), pero fue elegido asistente de España en ambas.
Conoció a Teresa de Jesús al tiempo que Francisco de Borja.[1]
Murió en el colegio jesuita de San Pedro y San Pablo de Madrid el 30 de enero de 1573.