Fue uno de los hijos del matrimonio formado por Beltrán Yáñez de Loyola, señor de las casas de Oñaz y Loyola y su esposa, María Sánchez de Licona. Tuvo varios hermanos:
- Beltrán, que falleció como Juan en las guerras de Nápoles.
- Ochoa (-1512) que murió en Azpeitia.
- Hernando, que pasó a la conquista de las Indias Occidentales y murió en tierra firme.
- Pedro López, clérigo y rector de la iglesia parroquial de San Sebastián de Soreasu en Azpeitia.
- Iñigo, capitán castellano que participó en la defensa de Pamplona en 1521 y, tras ello, conocido como San Ignacio de Loyola fundador de la Compañía de Jesús.
- Magdalena casada con Juan López de Gallaiztegui y Ozaeta.
- Marina, casada con Esteban de Aquerza, tronco de los Irarragas e Idiáquez de Azcoitia.
- Catalina, casada con Juan Martínez de Lasao.
- Petronila, casada con Pedro Ochoa de Arriola, vecino de Elgoibar. Fueron padres de Marina Sainz de Arriola que asistió a su tío Ignacio en el hospital de la Magdalena en Azpeitia.
- María.
Contrajo matrimonio con Magdalena de Araoz, dama de Isabel la Católica y que era muy apreciada por esta. De este matrimonio tuvo los siguientes hijos:[2]
- Marina Saez de Loyola.
- Juan Perez de Loyola.
- Magdalena Perez de Loyola.
- Maria Vélez Perez de Loyola.
- Catalina de Loyola; casada con Juan López de Amezqueta. Murió al dar a luz a su hijo Fortún.
- Usoa Perez de Loyola
- Millán de Loyola que ingresó en la Compañía de Jesús.
Participó en la defensa de Fuenterrabía durante su asedio por las tropas francesas entre los años 1521 y 1524. Además, por mandato de Carlos I, le fue encomendada la defensa de Guipúzcoa.[4] Fue destinatario de distintas cartas de su hermano Ignacio.[5]
Testó y murió el 19 de noviembre de 1538.[6]