Era hija de Pedro de Araoz (-1502), importante militar conocido como el “capitán de Oñate”. Su padre fue preboste de San Sebastián, lugarteniente del mayordomo mayor del rey. Participó en la guerra de Granada, siéndole concedida como recompensa la alhóndiga de la ciudad de Baza. Posteriormente en 1500 fue veedor en el ejército del Gran Capitán. Según algunas fuentes, Magdalena habría sido ahijada de la reina Isabel la Católica.[1]
Magdalena tendría otro hermano, el bachiller Juan Pérez de Araoz que fue colegial del de la Santa Cruz de Valladolid y llegó a ser alcalde de la sala de hijosdalgo de la Chancillería de Valladolid.
En su juventud fue dama de Isabel I de Castilla.
En 1498 contrajo matrimonio con Martín García de Loyola, entonces hijo primogénito de Beltrán Ibáñez de Loyola, viii señor de la casa de Loyola. El matrimonio se produjo en la casa maestral de la orden de Santiago en Ocaña en Toledo, que servía entonces de residencia a los monarcas, habiendo otorgado capitulaciones matrimoniales el 11 de septiembre de 1598.[2] El matrimonio tendría la siguiente descendencia:[3]
- Marina Saez de Loyola.
- Juan Perez de Loyola.
- Magdalena Perez de Loyola.
- Maria Vélez Perez de Loyola.
- Catalina de Loyola; casada con Juan López de Amezqueta. Murió al dar a luz a su hijo Fortún.
- Usoa Perez de Loyola
- Millán de Loyola que ingresó en la Compañía de Jesús.
Con motivo de su matrimonio, la reina Isabel la Católica que la apreciaba especialmente, le regaló una tabla hispanoflamenca representando la Anunciación y que pasó a presidir el oratorio de la casa-torre de Loyola, donde se encuentra en la actualidad.[1]
En 1521 fue encargada de cuidar de su cuñado Íñigo de Loyola, entonces convaleciente de sus heridas en el sitio de Pamplona. Magdalena tuvo por sobrino a Antonio de Araoz, que ingresaría en la Compañía de Jesús.
Murió hacia 1539.