Fue hijo de Martín García de Oñaz y Loyola, ix señor de la casa de Loyola y de su esposa Magdalena de Araoz.
Beltrán tuvo distintos hermanos:[2]
- Martín García de Loyola y Araoz, caballero de la orden de Santiago. Casado con María Nicolasa de Oyanguren. Fueron padres de Martín García Óñez de Loyola, gobernador del reino de Chile.
- Pedro García.
- Marina Sáez de Loyola.
- Juan Pérez de Loyola.
- Magdalena Pérez de Loyola.
- María Vélez Pérez de Loyola.
- Catalina de Loyola; casada con Juan López de Amezqueta. Murió al dar a luz a su hijo Fortún.
- Usoa Pérez de Loyola
- Millán de Loyola que ingresó en la Compañía de Jesús.
Hacia 1535 su tío Ignacio dio sus Ejercicios Espirituales a Beltrán y otros familiares en Azpeitia.
En 1536 contrajo matrimonio con Juana de Recalde, hija del azcoitiarra Juan López de Recalde, contador mayor de Carlos I.[3] De este matrimonio tendría dos hijas:[4]
- Lorenza de Oñaz y Loyola, sucesora de su padre. Contrajo matrimonio con Juan de Borja y Castro hijo de Francisco de Borja, duque de Gandía, futuro general de la Compañía de Jesús canonizado en 1571.
- Magdalena de Oñaz y Loyola, casada con Pedro de Zuazola, señor de Floreaga con descendencia masculina.[5]
En 1538 murió su padre, sucediéndole Beltrán en el mayorazgo que el primero había fundado en 1536.
A su muerte, designó como heredera del mayorazgo de fundado por su padre a su hija Lorenza.
Murió antes de 1552.
