Fue uno de los hijos del matrimonio de Martín García de Oñaz y Loyola, ix señor de la Casa de Loyola con Magdalena de Araoz. Fueron hermanos de Millán:
- Beltrán de Oñaz y de Loyola, x señor de la Casa de Loyola.
- Martín García de Loyola y Araoz, caballero de la orden de Santiago.
- Pedro García.
- Marina Saez de Loyola.
- Juan Perez de Loyola.
- Magdalena Perez de Loyola.
- Maria Belaz Perez de Loyola.
- Cathalina de Loyola.
- Usoa Perez de Loyola.
Viajó a Roma en 1541 acompañando al jesuita Antonio de Araoz junto a otro joven, el toledano Martín de Santa Cruz.[1] Una vez en esta ciudad, Martín y Millán fueron recibidos en la Compañía de Jesús por el propio Ignacio de Loyola. El año siguiente fue enviado por este último a París donde estudió en su universidad[2] hasta que tuvo que exiliarse a Lovaina junto con otro compañeros debido al inicio de la guerra italiana entre Francisco I de Francia y el emperador Carlos V. Partió a Lovaina en donde viviría hasta 1544 cuando pasó a Colonia en Alemania. Posteriormente volvió a España, estableciéndose en Alcalá de Henares.[3]
Murió en Carabaña, cerca de Alcalá en 1546. Fue el primer jesuita en morir en España.
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