El 16 de agosto de 965 el emperador bizantino Nicéforo II Focas capturó la ciudad de Tarso, poniendo fin al dominio árabe musulmán. Los bizantinos repoblaron las ciudades de Cilicia con cristianos, entre ellos inmigrantes armenios. Esto hizo que el catolicós armenio Khachig I (con sede en Arghina) en 973 erigiera las prelacías (o diócesis) de Antioquía, Tarso y Trianópolis en Isauria.[2] La inmigración armenia a Cilicia aumentó con la anexión de la Gran Armenia al Imperio bizantino en 1045 y la conquista selyúcida de la Armenia bagrátida en 1064,[3] lo que produjo dos oleadas migratorias.[4] La derrota bizantina ante los selyúcidas en la Batalla de Manzikert el 26 de agosto de 1071 hizo que en Cilicia se establecieran algunos principados armenios autónomos y otros independientes. En 1080 el príncipe armenio Rubén I ocupó Tarso y otras ciudades de Cilicia iniciando la dinastía rubénida,[5] pero la ciudad fue ocupada por los selyúcidas en 1085.
El 22 de septiembre de 1097 las fuerzas de la Primera Cruzada lideradas por Balduino I de Jerusalén liberaron a Tarso de los selyúcidas, quienes rindieron la ciudad, luego se sublevaron y fueron masacrados. Tarso fue disputada por bizantinos, cruzados y armenios, cambiando de manos reiteradas veces en las siguientes décadas. Durante el período de las Cruzadas los cristianos latinos erigieron en 1100 el patriarcado latino de Antioquía, desplazando al patriarca griego, por lo que también se erigió la arquidiócesis de Tarso de rito latino dentro del patriarcado latino, que desplazó al metropolitano griego. En 1132 Tarso pasó a la dinastía rubénida, que la convirtió en su capital. En Cilicia los armenios entraron en relaciones con el papa de Roma. El catolicós Gregorio III Pahlavouni asistió al concilio latino de Antioquía en 1139, en el cual hizo una profesión de fe ante el legado papal Alberico, recibiendo luego del papa Inocencio III el palio y en 1149 trasladó su sede a la fortaleza de Hromgla cedida por los cruzados.
Durante la Tercera cruzada los armenios de Cilicia prestaron colaboración a los cruzados y el príncipe armenio León I (o Levon I) pidió al emperador Enrique VI del Sacro Imperio Romano Germánico y al papa Celestino III el título de rey de Armenia. El papa envió a Tarso como legado al cardenal y arzobispo de Maguncia, Conrado de Wittelsbach, portando una corona que le sería entregada a León si el catolicosado armenio acordaba la unión con la Iglesia de Roma. En 1198 se firmó un acta de unión entre el legado papal y 12 obispos, entre los cuales estaba el prelado de Tarso, Narsés de Lambron, quien falleció el 17 de julio de ese año.[6] El legado papal y el catolicós Gregorio VI Pahlavuni consagraron a León en la iglesia armenia de Santa Sofía, en Tarso,[7] el 6 de enero de 1199 como León I de Armenia con el título de rey de Armenia, dando origen al Reino armenio de Cilicia.[8] La unión no fue aceptada por el clero y el pueblo armenio y fue rechazada especialmente por los monjes en la Armenia histórica.[9] Entre los siglos XII y XIV Tarso fue una de las 5 prelacías arzobispales de Reino armenio de Cilicia y su sede se estableció en el monasterio de Mlich en la actual provincia de Mersin, al noroeste de Tarso.[10]
En 1359 los mamelucos ocuparon Tarso poniendo fin a la intermitente unión entre armenios y católicos, y en 1516 cayó en manos del Imperio otomano. Según el boletín estadístico de Voskan Yerevantsi, a mediados del siglo XVII Tarso era una de las 6 prelacías arzobispales del catolicosado de Cilicia.[10] Sin embargo, la prelacía ya no existía en 1910 cuando el patriarca armenio de Constantinopla, Malachia Ormanian, en su libro The Church of Armenia: her history,... detalla las prelacías del catolicosado de Cilicia. Ormania señala que Adana, Mersin e İçel era entonces el territorio de la prelacía de Adana.[11] La presencia armenia en Tarso fue aniquilada por los otomanos en 1915, poniendo fin a las prelacías en territorio de Turquía, ya que todo el territorio del país pasó a ser parte del Patriarcado armenio de Constantinopla.
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