Los inicios de la misión de la Iglesia Presbiteriana de Chile en Chillán se remontan a finales del siglo xix. Hacia alrededor de 1890, los pastores William Bishop Boomer, también conocido como Guillermo Boomer en su versión hispanizada,[3] y su esposa, provenientes de Estados Unidos, arribaron a Chillán para iniciar labores misioneras y promover la fe reformada en la ciudad. Tras varios años de trabajo evangelístico entre residentes de origen europeo y locales, principalmente inmigrantes y descendientes de británicos, alemanes y suizos, el 1 de abril de 1894 se organizó oficialmente la primera Iglesia Presbiteriana de Chillán.[2] De tradición calvinista congregacional, se convirtió en una de las primeras congregaciones protestantes en la zona,[4] en una época en la cual la Iglesia católica en Chile fue la religión oficial del Estado hasta 1925.[5]
Durante los primeros años de esta misión también colaboró el pastor Tulio Morán, quien permaneció junto al matrimonio Boomer aproximadamente dos años antes de partir hacia Concepción para continuar su labor pastoral en esa ciudad.[6] El trabajo de estos misioneros fue parte del crecimiento inicial del presbiterianismo en Chile, que había sido introducido décadas antes por misioneros como el Rev. David Trumbull en Valparaíso en la década de 1840, y que para finales del siglo xix, ya contaba con presbiterios organizados en varias regiones del país.[7]
El edificio resistió sin daños estructurales de consideración los terremotos de 1939 y 1960, conservando íntegra su configuración arquitectónica original. En virtud de ello, se reconoce como el templo religioso más antiguo que permanece en pie en la ciudad, constituyendo un testimonio material relevante del patrimonio histórico y constructivo local.[2]