Une chute intervient dès le début de l'étape (km 4) impliquant Marco Pantani, Santiago Botero et Marcos Serrano, ce dernier contraint à l'abandon.
Après le sprint à Albertville remporté par McEwen devant Zabel, Javier Pascual Llorente part avec Salvatore Commesso.
Marco Pantani a attaqué très tôt, dès la montée du Col des Saisies. Pascal Hervé et Fernando Escartin s'échappent et rejoignent Pascual Llorente, Pantani les attend dans la descente avant d'entrer à Flumet.
Le col de la Colombière est franchi par Pantani, Escartin et Hervé, à 59 s du groupe maillot jaune (Lance Armstrong) et le reste des favoris. Pascal Hervé ne relaie pas et l'écart faiblit. La descente est rapide et technique. Richard Virenque, Santiago Botero, Javier Otxoa et Christophe Moreau partent en contre-attaque et rejoignent le trio de tête au km 146 à Scionzier. Le groupe maillot jaune fait l'effort pour effectuer la jonction. Tout le monde est regroupé au bas de la descente.
Dans Cluses, au kilomètre 155, Didier Rous, suivi par Andrei Kivilev et rejoint par Guido Trentin tentent leur chance. En haut de la côte de Châtillon, ils comptent 0 min 54 s d'avance et l'écart grandit à 2 min 40 s sur le plat entre Taninges et les premières rampes de Joux-Plane.
Dans la dernière ascension, quatre coureurs sortent du peloton et démarrent la contre attaque : Roberto Heras, Lance Armstrong, Jan Ullrich et Richard Virenque. Le groupe éclate. Roberto Heras s'envole et rattrape Rous, Trentin et Kivilev. Virenque s'échappe aussi, rejoint Roberto Heras, et franchit en tête le col de Joux-Plane. Le maillot jaune Lance Armstrong, en difficulté, ne suit pas et Jan Ullrich le distance, consolidant sa deuxième place au classement général.
Dans la descente, à un kilomètre de l'arrivée, Roberto Heras manque un virage et chute en heurtant les barrières[1]. Il peut repartir mais se retrouve désormais derrière Jan Ullrich. Virenque maintient sensiblement l'écart avec Ullrich et remporte l'étape. Lance Armstrong termine à 2 min 1 s et perd 1 min 37 s sur Jan Ullrich qui reçoit 12 s de bonification, mais il conserve son maillot jaune.