Il se présente aux élections locales du à Amadora, une grande ville de la banlieue de Lisbonne dirigée par la Coalition démocratique unitaire (CDU). Avec son score de 31,1% des voix, il obtient 4 sièges sur 11 au conseil municipal, soit autant que la CDU mais celle-ci a obtenu plus de suffrages et continue à gouverner la commune.
Il est contraint à la démission dès le , après que la presse a révélé qu'il a créé en tant que secrétaire d'État la fondation pour la prévention et la sécurité routière, une structure privée réalisant des campagnes d'information pour l'État portugais[1].
Retrait de la politique
Il retrouve alors un poste de directeur à la CGD.
Par ailleurs, il est choisi comme directeur de la campagne des élections locales du . Le résultat est catastrophique, le PS accusant la perte de Lisbonne et Porto, ce qui amène António Guterres à démissionner puis convoquer des élections législatives anticipées le . Lors de ce scrutin, il est réélu député du district de Bragance mais ne conserve qu'un seul siège, tandis que les socialistes basculent dans l'opposition.
Il décide cependant de ne pas siéger et quitte la vie politique. Ayant obtenu un diplôme en gestion des entreprises à l'Institut supérieur des sciences du travail et de l'entreprise (ISCTE) en 2004, il passe avec succès en 2005 une licence de relations internationales. Trois jours plus tard, le nouveau gouvernement socialiste de José Sócrates le nomme administrateur de la Caixa Geral de Depósitos. En 2008, il passe dans le secteur bancaire privé.
Il est placé en garde à vue le , dans le cadre de l'opération « Marquis » qui vise l'ancien Premier ministre José Sócrates. Sa détention fait suite aux perquisitions organisées à son domicile, dans diverses sociétés et une banque. La justice soupçonne Sócrates d'avoir favorisé une entreprise touristique via un plan gouvernemental, à l'époque où Vara était administrateur de la Caisse générale des dépôts, entité qui finançait ladite entreprise[3].
