La première assemblée a lieu le [4]. L'assemblée se réunit ensuite une fois par an en février ou mars jusqu'en , où elle se réunit deux fois à Paris, les et puis le [4]. En outre, une conférence épiscopale se tient à Lyon le . Le dédoublement entre assemblée de la zone occupée à Paris autour des cardinaux Baudrillart et Suhard, et conférence de Lyon en zone libre autour des archevêques de Lyon Gerlier et de Cambrai Chollet réfugié à Vénissieux, dure jusqu'à la réunification des deux zones en [5]. En et , l'ACA se réunit à Paris quatre fois par an en janvier, avril, juillet et octobre, en précédant de quelques jours six conférences épiscopales qui se déroulent à Lyon de à [4]. Le rythme de quatre ACA par an est maintenu en février, avril, juillet et , puis il est de deux par an —février et octobre— en , trois par an —février-mars, juillet, octobre-novembre— en et , puis de deux par an —février-mars et octobre-novembre— de à [4].
En , l'ACA se réunit en février-mars, puis le , juste avant la première d'une série de quatre Assemblées plénières de l'épiscopat français[4] qui ont lieu ensuite tous les trois ans en , et .