En , lorsque Alfred Deakin succède à Edmund Barton à la direction du pays, il nomme Austin Chapman ministre de la Défense dans son gouvernement. Ce dernier ne dure que quelques mois, n'ayant pas la confiance de la Chambre, mais lorsque Alfred Deakin redevient Premier ministre en 1905, Austin Chapman est fait ministre des Postes (1905-1908) et ministre du Commerce extérieur et des Douanes (1907-1908); il représente l'Australie, la Nouvelle-Zélande et les Fidji au congrès international de l'Union générale des postes à Rome en 1906. Un accident vasculaire cérébral le paralyse partiellement en 1909, et il se retire des avant-postes de la vie politique. C'est comme candidat sans étiquette qu'il conserve son siège de député aux élections de 1910, et il demeure simple député durant la décennie qui s'ensuit[1],[2].
En 1923, désormais membre du Parti nationaliste (centre-droit), il œuvre avec succès à la formation d'un gouvernement de coalition des nationalistes et du Parti rural, et le Premier ministre Stanley Bruce le nomme à nouveau ministre du Commerce extérieur et des Douanes, ainsi que ministre de la Santé. En désaccord avec d'autres membres du gouvernement quant à sa politique douanière, et étant toujours de santé fragile, il démissionne en . Le mois suivant, il est fait chevalier commandeur de l'ordre de Saint-Michel et Saint-Georges. Il meurt d'une maladie neuro-vasculaire moins de deux ans plus tard[1],[2].
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