Il joue beaucoup moins depuis la fin des années 1980, s'investissant plus dans l'organisation d'événements échiquéens. Il a notamment été candidat à la présidence de la Fédération internationale des échecs en 1994 et 1996.
Après avoir repris une activité de joueur entre 2004 et 2008, il est devenu inactif de 2008 à 2015, mais rejoue épisodiquement depuis 2015. Au 1er , son classement est 2 450Elo.
Le , Bachar Kouatly devient président de la Fédération française des échecs, la liste «Ambitions FFE» qu'il conduisait obtenant 62,29% des voix lors du renouvellement du Comité directeur[2].
Resté, depuis son élection, en conflit d’intérêts, il est soupçonné d'avoir, en 2018, capté une ou plusieurs subventions publiques destinées à la FFE, au profit d'une structure commerciale lui appartenant, notamment auprès de la ville d'Agen. Cette structure commerciale est, par ailleurs, éditrice de la revue Europe Échecs[4],[5],[6]. Le numéro de de la revue fait état d'un changement de gouvernance. Le Président et Directeur de la publication en est maintenant Sami Kouatly, fils de Bachar[7].
Une assemblée générale de la FFÉ se déroule le . Elle s'oppose à la motion de prorogation du mandat du comité directeur jusqu'à l'assemblée générale du . Bachar Kouatly démissionne de son poste de président le . Yves Marek, vice président depuis le , est investi à titre intérimaire à la présidence de la FFÉ jusqu'à l'assemblée générale d'[8],[9],[10].
Kouatly se représente à l'élection pour la présidence de la FFÉ le mais il est battu par Éloi Relange qui obtient 632 voix contre 561 pour Kouatly[11].
Jean-Michel Péchiné, «Bachar Kouatly — L'excellence à la française», Europe Échecs, Paris, Promotion Jeux de L'Esprit, no673, , p.32-35 (ISSN0014-2794).
