À la fin des années 1940 il retourne au Royaume-Uni pour reprendre ses études, et obtient un diplôme de Master en anthropologie à l'université de Cambridge, avec un mémoire sur le mouvement anti-colonial Maasina Ruru(en) des Îles Salomon[1]. Commissaire de district pour Malaita aux Salomon de 1950 à 1952, il suit ensuite une formation au droit, et préside une commission d'examen des affaires foncières dans la colonie. En 1957 il est faire secrétaire adjoint aux affaires indigènes, et siège de ce fait au Conseil consultatif de la colonie[1].
En 1958 il est transféré au condominium des Nouvelles-Hébrides, colonie conjointe franco-britannique, et promu adjoint au commissaire-résident britannique John Shaw Rennie. En 1959 il est fait officier de l'ordre de l'Empire britannique. En 1966 il est promu commissaire-résident britannique, c'est-à-dire chef de la moitié britannique du gouvernement de la colonie; son pendant est le commissaire-résident français Jacques Mouradian jusqu'en 1969, puis Robert Langlois. En 1968 il est fait compagnon de l'ordre de Saint-Michel et Saint-Georges[1],[2]. Il est le commissaire-résident britannique au moment de la création en 1971 du Parti national des Nouvelles-Hébrides, indépendantiste, par notamment des employés autochtones de l'administration coloniale britannique. Colin Allan encourage ouvertement les autochtones à se préparer à l'indépendance, conformément aux souhaits de Londres, tandis que Robert Langlois applique les directives de Paris et s'y oppose[6].
En 1973 il est fait gouverneur des Seychelles. Le pays accède à l'autonomie politique en , et Colin Allan n'est dès lors plus gouverneur mais haut commissaire. À l'indépendance des Seychelles en , il est fait gouverneur des Îles Salomon, chargé de mener les préparatifs là aussi pour l'indépendance. Il est fait chevalier commandeur de l'ordre de Saint-Michel et Saint-Georges en 1977, et prend sa retraite en 1978 à l'indépendance des Salomon[1],[2],[3]. Il meurt en Nouvelle-Zélande en , à l'âge de 71 ans[3].
