Elle quitte définitivement le Parlement européen en 2006 pour devenir ministre du Commerce international et ministre pour les Affaires européennes dans le gouvernement de centre gauche de Romano Prodi. À la suite des élections parlementaires de 2008, elle devient vice-présidente du Sénat.
En 1973, elle participe à la fondation du centre d'information sur la stérilisation et l'avortement (CISA), à Milan. Elle avoue, deux ans plus tard, avoir pratiqué des interruptions volontaires de grossesse (IVG), alors interdites en Italie.
Candidate aux élections générales anticipées du 26 juin 1983, elle est élue une nouvelle fois, mais démissionne dès le . Le , elle renonce à son mandat européen. Elle le retrouve le et revient à la Chambre le suivant.
À compter du , elle est chargée de l'intérim de ses responsabilités, après la démission collective du collège des commissaires du fait de la mise en cause de la gestion collective et individuelle des commissaires; elle fait partie des commissaires mis en cause nominativement pour des erreurs de gestion et des irrégularités[7].
1999-2006 : liste Bonino et retour au Parlement européen
À peine trois mois plus tard, elle se présente aux élections européennes du 13 juin 1999, à la tête de la «Liste Bonino». Avec un score de 8,46% des suffrages, elle s'impose comme la quatrième force politique du pays et remporte sept députés, sur 87 à pourvoir[8].
Le suivant, elle fait son entrée au gouvernement, comme ministre du Commerce international et ministre pour les Affaires européennes, sans portefeuille[11]. Elle remet sa démission, refusée, le , après que Prodi a émis la volonté de revenir sur le projet de réforme des retraites.
Élue sénatrice, elle propose sa candidature à la présidence du Sénat mais ne recueille que 13 suffrages à l'issue d'un tour unique remporté par le président du groupe des sénateurs de Forza Italia, Renato Schifani. Elle est néanmoins nommée vice-présidente du Sénat le suivant[12].
Au mois de , elle annonce qu'elle sera candidate aux élections régionales du Latium, qui se tiennent les 28 et suivant. Initialement appuyée par les seuls radicaux, elle reçoit ensuite le soutien des démocrates. Avec 48,32% des voix, sa coalition de centre gauche «Emma Bonino Presidenta» est battue par l'alliance de centre droit «Per il Lazio», de Renata Polverini, qui remporte 51,14% des suffrages. Bien que la loi électorale le lui permette, elle renonce à siéger au sein du conseil régional[13].
Elle perd son siège de sénatrice lors des élections générales de 2013, les Radicaux italiens n'atteignant pas le seuil pour avoir des élus[14],[15].
En , alors qu'elle figure parmi les prétendants à la succession du président Giorgio Napolitano, démissionnaire, elle annonce qu'elle souffre d'un cancer du poumon[17].
En vue des élections parlementaires anticipées de 2022, elle rompt avec le centriste Carlo Calenda (Az), qui s’allie à Matteo Renzi (IV) au sein d’un Troisième pôle, et décide d’intégrer la coalition de centre gauche menée par le PD d’Enrico Letta. Désignée candidate au Sénat dans la circonscription uninominale Latium-2, Emma Bonino devance largement Carlo Calenda mais est battue de trois points par Lavinia Mennuni (Frères d'Italie), tandis que +Europa ne franchit pas le seuil des 3% des suffrages exprimés lui permettant d’avoir des élus à la proportionnelle.
Pour les élections européennes de 2024, son parti +Europa ainsi qu'Italia Viva de Matteo Renzi et plusieurs autres petits partis forment une liste commune intitulée «États-Unis d'Europe»[19]. Dans ce cadre, Emma Bonino se présente en tête de liste dans la circonscription de l'Italie du Nord-Ouest et deuxième place sur la liste de l'Italie centrale[20].
↑«Emma Bonino met en garde contre l’euroscepticisme en Italie», euractiv.com, (lire en ligne, consulté le ).
↑Federica Pascale, «Des partis italiens se rallient derrière une liste "États-Unis d’Europe" pour les Européennes», EurActiv, (lire en ligne, consulté le ).
↑«Européennes 2024: Emma Bonino tente de retrouver le chemin de Bruxelles», La Croix, (lire en ligne, consulté le ).