Alors que le système Van Ophuijsen aidait grandement les néerlandophones à prononcer la langue indonésienne, sa dépendance totale à l'orthographe néerlandaise, riche en digraphes et trigraphes, entraînait souvent des complications dans l'écriture des mots indonésiens. Par exemple :
- Le digraphe ‹ oe › pour [ u ] a entraîné une absence flagrante de la lettre ‹ u › dans les textes indonésiens contemporains, car ‹ u › dans l'orthographe néerlandaise représente [ ʏ ] ou [ y ] — des sons qui n'existent pas en indonésien. Cela produisait des orthographes maladroites, parfois avec trois voyelles consécutives, par exemple koeat et djaoeh ; en orthographe moderne kuat et jauh (« fort » et « loin »).
- Les digraphes ‹ dj › et ‹ tj › pour [ dʒ ] et [ tʃ ] étaient utilisés pour représenter des sons uniques en indonésien, et furent finalement simplifiés en ‹ j › et ‹ c › dans l'orthographe indonésienne moderne. ‹ nj › [ ɲ ] et ‹ sj › [ ʃ ] ont été conservés comme digraphes, mais pour représenter ‹ ny › et ‹ sy › .
- Le tréma était souvent redondant, surtout lorsqu'il indiquait des arrêts de glotte entre deux voyelles consécutives identiques, par exemple keboedajaän . La langue néerlandaise emploie régulièrement ‹ aa ›, ‹ ee ›, ‹ oo › et ‹ uu › pour représenter les voyelles longues, et utilise des tréma pour signifier des sons séparés dans des groupes de voyelles, par exemple tweeëntwintig (« vingt-deux »). Cependant, il n’y a pas de distinction entre les voyelles courtes et longues en indonésien. Il n'était donc pas nécessaire d'inclure une tréma dans des mots tels que keboedajaän, kebanggaän, keënakan, etc. ; les voyelles doublées signalent déjà qu'elles sont exprimées séparément.
Les lacunes du système Van Ophuijsen ont conduit au développement d'une orthographe partiellement révisée, appelée système orthographique républicain en 1947, et finalement à l'adoption du système orthographique indonésien amélioré en 1972.
La graphie Van Ophuijsen continue d'être fréquemment utilisées dans les noms propres indonésiens, par exemple Soerjadjaja (uryajaya, également écrit dans une orthographe mixte comme Soeryadjaya ). Étant donné que l'orthographe des noms indonésiens est très fluide, l'usage peut également être incohérent : par exemple, Sukarno écrivait son nom avec un u, mais signait Soekarno[4].