Après la victoire des conservateurs aux élections générales de , Clark fait partie des neufs membres du cabinet fantôme de David Cameron à ne pas intégrer le Cabinet de coalition formé avec les libéraux-démocrates[4]. Il intègre toutefois le gouvernement à une position ministérielle de second rang, en étant nommé ministre d'État chargé de la Décentralisation. En parallèle de ces fonctions, il est nommé en au poste nouvellement créé de ministre des Villes[5].
Il est nommé secrétaire financier du Trésor à l'occasion d'un remaniement ministériel en , un rôle qu'il cumule avec ses responsabilités de ministre des Villes[6]. En , il devient ministre de la Constitution et des Villes. Lors d'un nouveau remaniement en , il est nommé ministre des Universités, de la Science et des Villes, une nomination controversée en raison de prises de position de Clark en faveur de l'homéopathie en 2007[2],[7].
Lors de la campagne en vue du référendum de , il défend le maintien du Royaume-Uni dans l'Union européenne[9]. Après la démission de David Cameron de son poste de premier ministre après le référendum, il soutient la candidature de Theresa May dans l'élection d'un nouveau chef du Parti conservateur[10].
Après la démission de Theresa May de son poste de Première ministre en , il soutient la candidature de Jeremy Hunt lors de l'élection d'un nouveau chef du Parti conservateur. Quand Boris Johnson devient Premier ministre le après avoir remporté le scrutin, Clark n'est pas reconduit dans ses fonctions ministérielles[14].
Après avoir voté contre le Premier ministre Boris Johnson pour s'opposer à la perspective d'une sortie sans accord de l'Union européenne, Clark fait partie des 21 députés conservateurs exclus le du groupe parlementaire du parti, et interdits d'obtenir l'investiture conservatrice pour les prochaines élections générales[15]. Cependant, il fait partie des dix députés conservateurs réintégrés le [16]. Clark est finalement réélu sous la bannière conservatrice lors des élections générales anticipées du [17].
