Avec sa soeur jumelle, Célestine, il est l'aîné d'une famille de 15 enfants.
En 1802, après la défaite puis la capture de Louverture lors de l'expédition des Français, Dessalines se rallie au général Leclerc[4]. En 1803, à la tête d'une nouvelle insurrection, il bat les Français, proclame l'indépendance d'Haïti en 1804 et s'autoproclame par la suite «gouverneur général à vie», prenant ainsi les pleins pouvoirs.
Le , Dessalines se proclame empereur d'Haïti sous le nom de Jacques Ier et se fait couronner au Cap-Haïtien le par l'archevêque Jean-Baptiste-Joseph Brelle. Dans la constitution impériale, rédigée par l'empereur lui-même, il est précisé que la monarchie impériale est héréditaire. Ainsi, le fils aîné de Dessalines, Jacques, est fait prince impérial et héritier de la couronne à l'âge de 9 ans.
Le , l'empereur prend connaissance d'une tentative de révolte. Sur le chemin de retour après son passage à Jacmel, il dit à son fils: «Mon fils tiens-toi prêt, après tout ce que je viens de faire dans le sud si les citoyens ne se soulèvent pas c'est qu'ils ne sont pas des hommes.»[5]. Le lendemain, le , à Pont-Rouge, au nord de Port-au-Prince, l'empereur est assassiné à la suite d'un complot orchestré par ses généraux dont Alexandre Pétion, Jean-Pierre Boyer, André Rigaud, Bruno Blanchet et sans doute Henri Christophe.
Après l'assassinat de l'empereur, ses ministres tentent de faire reconnaître son fils comme souverain légitime, mais l'empire est immédiatement aboli par les assassins de Dessalines. L'impératrice quitte alors la capitale avec ses enfants. Le dernier fidèle de l'Empire, le général François Capois, est assassiné à son tour par les hommes de Christophe, après avoir tenté en vain de mettre sur le trône le jeune Jacques Bien-Aimé.
D'abord exilé avec sa famille dans la partie espagnole de l'île d'Hispaniola, il revient ensuite dans le nord d'Haïti sous la protection d'Henri Christophe, devenu entre temps roi d'Haïti. Il reste dans l'ombre dans les années qui suivent la chute du Premier empire.
Marié avec Adélaïde Appolon, le couple n'a qu'une fille: Marie-Françoise Dessalines ( -?)[1], transmettant la succession à son frère cadet, César-Jacques Dessalines.
