Député du Parti républicain radical et radical-socialiste, membre du Groupe radical-socialiste, il fit partie de la Comission de l'assurance et prévoyance sociales et de la Commission de l'hygiène à l'Assemblée nationale. Il rapporta le projet de loi tendant à modifier la loi du relative aux établissements dangereux et insalubres, la proposition de loi de M. Bussat tendant à renforcer les moyens de lutte contre la tuberculose (1929), la proposition de loi de Raoul Brandon tendant à accorder le secours de chômage aux artisans, ouvriers et employés qui ne se livrent pas à un travail permanent (1931) et la proposition de loi de Xavier Vallat relative à l'institution d'un ordre des pharmaciens (1932). Il déposa plusieurs propositions de loi tendant à faire bénéficier de l'aide de l'État les cultivateurs de la Haute-Garonne victimes des intempéries, et s'attacha particulièrement à l'équipement des campagnes et à la réalisation des travaux d'adduction d'eau et d'électrification. Il participa également à la discussion du projet de loi relatif au commerce des blés (1929, 1931) et du projet de loi concernant la viticulture et le commerce des vins (1931)[5].
Aux élections législatives de 1932, il est réélu député[4] au 2nd tour de scrutin à la très forte majorité de 8.333 voix contre 223 pour M. Anglas. Membre puis président de la Commission de l'agriculture, membre de la Commission des PTT et de celle de l'hygiène, il déposa diverses propositions de loi destinées à venir en aide aux agriculteurs victimes des orages de et des inondations de , une proposition de loi concernant la protection des pêches fluviales (1933), une proposition de loi relative à l'avancement de certains agents des PTT (1933) et une proposition de loi comportant limitation des pharmacies, statut de la propharmacie et interdiction du colportage des médicaments (1934). Il présenta un nouveau rapport sur la proposition de Xavier Vallat tendant à instituer un Ordre des pharmaciens (1933)[5].
Vice-Président du groupe parlementaire de défense paysanne, vice-président de la Commission d'agriculture du parti radical-socialiste, ses interventions sont fréquentes dans les débats sur l'agriculture. Lors du vote du collectif budgétaire de 1932, il intervient en faveur des agriculteurs dont les récoltes ont subi des dommages par suite des calamités atmosphériques. Il participe à la discussion des projets concernant l'assainissement du marché du blé (1933 et 1934), la viticulture et le commerce des vins (1933) et du projet de budget des Travaux publics pour 1933 au sujet de diverses questions de voirie[5].
Membre de la Commission chargée de rechercher les causes et les origines des événements du 6 février 1934, Jean-Baptiste Amat en établit un des rapports[7], et, en sa qualité de médecin, co-rédige un autre rapport focalisé sur la gestion médicale des victimes des événements[8].
Activité au Sénat
Aux élections législatives de 1936, il est battu au second tour par 5.159 voix contre 5.724 pour le docteur André David[9]. Il reprend alors l'exercice de sa profession de médecin, pour peu de temps du reste, puisqu'il est élu sénateur le en remplacement d'Eugène Rouart, sénateur radical-socialiste décédé. Il siège au Sénat au sein du groupe Gauche démocratique, dont fait partie le PRRRS. Membre de la Commission du commerce, il rapporte les projets concernant le personnel de la radio (1937) et le salaire des ouvriers à domicile (1938), puis en 1939 la proposition de René Coty et plusieurs de ses collègues tendant à rendre effectif le contrôle du Parlement sur les émissions politiques de la radio d'État. Le , il vote en faveur de la remise des pleins pouvoirs au maréchal Pétain[5].
Activité dans la Résistance
Après l'armistice, l'ajournement sine die du Sénat et la suspension des Conseils généraux le , Jean-Baptiste Amat reprend à Bessières son activité médicale, tout en apportant son aide aux activités de la Résistance dans son département: il est membre de l'Armée secrète, secteur 2 de la Haute-Garonne, du au [10]. Cette action le fait bénéficier, dès le , d'un arrêté préfectoral qui le relève de l'inéligibilité dont il était frappé du fait de son vote du [5].
Depuis 1941, le docteur Amat n'a plus exercé de mandat parlementaire, mais il continue de prendre part activement aux travaux de la Fédération radicale-socialiste du Sud-Ouest. Réélu maire de Bessières en 1947, il se consacre à l'aménagement de sa commune[5].
Postérité
Le , un stade portant son nom est inauguré à Borde-Haute, à Bessières, sur lequel joue l'équipe du FC Bessieres Buzet[11].
↑"Rapport fait au nom de la Commission d'enquête chargée de rechercher les causes et les origines des événements du 6 février 1934 et jours suivants, ainsi que toutes les responsabilités encourues: les manifestations sur la voie publique en janvier 1934 et jusqu'au 6 février, par M. Amat", https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k65294642
↑"Rapport fait au nom de la Commission d'enquête chargée de rechercher les causes et les origines des événements du 6 février 1934 et jours suivants, ainsi que toutes les responsabilités encourues: les victimes des journées du 6 au 12 février 1934, par MM. Gardiol, Amat et de Framond", https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k65294694
