Enfant de la balle, Jean-Claude Rouget a suivi les traces de son père Claude, qui dirigeait le haras de Cheffreville pour le compte de la prestigieuse écurie Jean Stern avant de s'installer comme entraîneur[2]. Un temps gentleman-rider (c'est-à-dire jockey amateur), il entame sa carrière en 1978, après plusieurs stages dans des écuries françaises et britanniques, et se base à Pau. D'abord officiant dans les deux disciplines (obstacles et plat), il se consacre exclusivement au plat à partir des années 90[3]. À la tête d'une écurie de quelque 250 chevaux[4], Jean-Claude Rouget est régulièrement en tête des bilans annuels des entraîneurs en gains et en nombre de victoires[5], et en totalise environ 7 500. Il n'hésite pas non plus à défier avec succès les meilleurs écuries cantiliennes, étant de plus en plus sollicité par les grands propriétaires, dont l'Aga Khan. Il réalise sa meilleure saison en 2016, avec ses champions La Cressonnière et Almanzor (sacré meilleur poulain de 3 ans en Europe[6]), totalisant neuf succès de groupe 1. En 2020, son protégé Sottsass lui offre une première victoire dans le Prix de l'Arc de Triomphe, en 2023 Ace Impact un second.
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